Amir Isajbegović rođen je 1967. u Zagrebu, u begovskoj porodici zagrebačkog ogranka rahičkih begova Isabegovića, od hadžije i hadžinice oca Idrisa i majke Senije rođ. Talić, u porodici srednjovjekovnih feudalnih bosanskih korijena po oba roditelja.
Osnovno i srednjoškolsko obrazovanje stekao je u Zagrebu, gdje je paralelno pohađao muzičke škole Ivan Zajc i Vatroslav Lisinski, specijalizirajući se za harmoniku. Studirao je Zrakoplovni promet na Fakultetu prometnih znanosti, no studij je prekinuo zbog rata.
Kao poduzetnik, Isajbegović je karijeru započeo krajem 80-ih godina, osnivajući firmu “Forma doo” i razvijajući trgovačke odnose između Turske i Jugoslavije. Devedesetih godina obnavlja poduzeće “Amisa doo”, preuzima upravljanje turističkim kampom u Tribunju te pionirski uvodi informatičke igraonice u Zagrebu. Njegova stručnost u IT sektoru omogućila mu je saradnju s renomiranim organizacijama, uključujući MMF i velike kompanije te implementaciju Oracle tehnologija.
Amir je također bio aktivan u muzičkoj sceni kao klavijaturista i član više kultnih rock sastava Zagreba. Bio je promotor ronilačkog sporta, međunarodno aktivan u kinologiji i jedan od osnivača političke opcije “SIN – Samostalnost i napredak”.
Promotor povijesti prostora Helma kakva se tajila i obezvređivala s naglaskom na bazen Bosne, aktivan u javnim objavama i publikacijama u temama Arijana, bosanske medievalistike i orijentalistike
Amir Isajbegović pionir je genetskih istraživanja i promotor genetskog testiranja stanovništva područja ex-Yu i njihovo uključivanje u naučne projekte i asocijacije. Ne priznaje nametnuti slavenski predznak.
Aktivni je IT konsultant na međunarodnoj platformi izuzetno složene strukture te otac dvoje djece Une i Maka, kojima je posvetio značajan dio života, posebno kroz njihov odgoj i obrazovanje.